A criação das chamadas "agências reguladoras" durante o governo Fernando Henrique Cardoso provoca controvérsia quanto ao conceito de independência das entidades de regulação tradicionais (CMN, BACEN e CVM, por exemplo).
Segundo as leis que regulam as novas "agências reguladoras", estas seriam independentes, diferentemente das entidades tradicionais, porque possuem atribuição de competências
a) regulatórias; o Poder Executivo não pode exonerar seus dirigentes ad nutum, sua organização é colegiada, há formação técnica de seus quadros, não se pode interpor recursos hierárquicos.
b) regulatórias e ordenadoras; o Poder Executivo não pode exonerar seus dirigentes ad nutum, sua organização é colegiada e representativa dos diversos ministérios afins, há formação técnica de seus quadros, não se pode interpor recursos hierárquicos.
c) regulatórias; os Poderes Executivo e Legislativo não podem exonerar seus dirigentes ad nutum, sua organização é colegiada e representativa dos diversos ministérios afins, há formação técnica de seus quadros, não se pode interpor recursos hierárquicos.
d) regulatórias e hierárquicas; apenas o Conselho de Defesa do Estado pode exonerar seus dirigentes ad nutum, sua organização é colegiada, há formação técnica de seus quadros, não se pode interpor recursos extrajudiciais.
e) regulatórias, ordenadoras e hierárquicas; apenas o Conselho de Defesa do Estado pode exonerar seus dirigentes ad nutum, sua organização é colegiada e representativa dos diversos ministérios afins, há formação técnica e prática de seus quadros, não se pode interpor recursos extra-judiciais.